Esta Unidad fue creada por Resolución Exenta Nº 644 del 11 de Mayo de 2001, con el objeto de prestar asesoría especializada en materias de auditoría y control interno al Jefe de Servicio, control que se extendió posteriormente a la eficiencia, legalidad y oportunidad de las actuaciones. Uno de sus antecedentes jurídicos esta en el art. 10 de la ley 18.575, el que dispone: " Las autoridades y jefaturas, dentro del ámbito de su competencia y en los niveles que corresponda, ejercerán un control jerárquico permanente del funcionamiento de los organismos y de la actuación del personal de su dependencia. Este control se extenderá tanto a la eficiencia como a la legalidad y oportunidad de las actuaciones" Lo anterior sumado a el instructivo presidencial Nº 006, de 1994 y los Decretos Nº12, de 1997 y Nº 108 de 2000, del Ministerio Secretaria General de la Presidencia, que crearon el Consejo de Auditoría Interna General de Gobierno (CAIGG), configuraron el marco de acción de esta unidad.